Ganz schön schwere Frage, denn es kommt ja immer darauf an, in was das Spiel das beste aller Zeiten sein soll.
Die beste Story haben sicherlich die Metal Gear (Solid) Teile oder die Zelda Games auf den konsolen und KotoR 1 auf dem PC, es gibt kaum Spiele, die mich so fesseln und total süchtig gemacht haben alles zu erfahren
Das Spiel mit dem meisten humor finde ich, ist immer noch Monkey Island, bei kaum einem Spiel habe ich mich so kaputt gelacht wie bei dem alten Teil (aufm Amiga-damit hat alles angefangen

)
Zu GTA: Ich finde schon, dass GTA neue Massstäbe gesetzt hat und dies auch immer noch tut. Es gibt wohl kaum ein Game in dem man sich wirklich monatelang nur mit Nebenaufgaben beschäftigen kann oder Spass haben kann ohne wirklich in der Story weiter zu kommen.
GTA 4 ist technisch für mich eins der geilsten Games aller Zeiten und Spass macht es definitiv auch. Als DAS Ubergame würde ich es allerdings nicht bezeichnen, weil einfach diese Präsentation und Atmosphäre eines Metal Gear fehlt.